Marie-Anne d'Autriche était l'enfant d'une union consanguine ainsi que le prouvent les traits - assez peu gracieux - de son visage hautain, que souligne encore l'horrible coiffure "à l'espagnole." Elle était en effet la fille de Ferdinand III de Habsbourg, roi de Hongrie et de Bohême et chef du Saint-Empire romain germanique :

et de Marie-Anne d'Autriche, infante d'Espagne par son père, Philippe III :